Como uma adaptação de Bayonetta, e não uma tradução direta, a história de Bloody Fate segue os eventos e personagens do jogo com algumas pequenas alterações em locais, ordem e detalhes.
Após despertar de um sono de 500 anos no fundo de um lago, sem memória de sua vida anterior, a bruxa Umbra Bayonetta embarca em uma jornada para redescobrir sua identidade e seu passado.
Lutando contra hordas de monstros com temática angelical (que ela chama de "fantasmas") que cruzam seu caminho, a jornada de Bayonetta a leva à isolada cidade europeia de Vigrid, onde ela confronta o último Sábio Lumen, Balder.
Este sábio insano vê o mundo como irremediavelmente corrupto e deseja destruí-lo. Após uma batalha épica na qual ambos invocam monstros celestiais, Bayonetta mata Balder.
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