(Cette histoire se déroule entre les évènements de Shiki hunters et Shiki Hunters 2.)
Quelques années après la défaite de Sephiroth et Cell, nos amis sont revenus à la routine quotidienne. Cependant, dans l'ombre, se prépare une nouvelle menace, un mystérieux informaticien semble décidé à mettre des bâtons dans les roues de nos héros.
Blob, Aruno et Kro, accompagnés de Fred vont vivre une aventure inoubliable remplie de surprises : un Shiki d'une incommensurable force et le retour d'anciens ennemis...