خلاصه داستان قصه سریال «پایتخت ۶» با فوت بابا پنجعلی آغاز می‌گردد و روح پنجعلی در سریال حضور دارد و اعضای بدن او اهدا می‌گردد. بهبود فریبا پس از سال‌ها به ایران بازمی‌گردد اما ماجراهایی برایش پیش می‌آید که فهیمه را از شوهرش دلسرد می‌کند. بهتاش که در فصل ۵ بیکار و آس و پاس بود حالا دروازه‌بان باشگاه فوتبال نساجی مازندران شده‌است و سیاسی شدن نقی معمولی شخصیت اصلی قصه یکی از دیگر جذابیت‌های سریال است.[۱]
تولید و پخش تصویربرداری این مجموعه از ۱۶ آذرماه ۱۳۹۸ در شیرگاه مازندران آغاز شد. بخش‌هایی از این سریال در بازی پرسپولیس و نساجی در تاریخ ۶ دی ۱۳۹۸ تصویر برداری شده که در آن شخصیت بهتاش (با بازی بهرام افشاری) به عنوان گلر دوم تیم نساجی با شمارهٔ ۵۵ و کلاهی به شکل کلاه پیتر چک حضور دارد.
به گفتهٔ الهام غفوری شخصیت بابا پنجعلی (با بازی علیرضا خمسه) در این فصل می‌میرد و مهران احمدی بازیگر نقش بهبود در این فصل حضور دارد.
پس از پخش قسمت اول سریال پایتخت بسیاری از مخاطبان به حجم بالای تبلیغات در بین سریال (پیام بازرگانی در ۲ نوبت بین سریال پخش شد) به صدا و سیما انتقاد کردند که با واکنش محسن تنابنده (طراح، سرپرست نویسندگان و بازیگر شخصیت نقی) مواجه شد و او این تبلیغات را بر عهده تلویزیون دانست و به این حجم از تبلیغات اعتراض کرد.[۲]
