국가기록원이 고발장을 제출하기는 했으나 고발을 주도한 것은 국가기록원이 아니라 당시 대통령실이었다는 것이다. 15일 국가기록관리혁신 TF의 국가기록관리 폐단조사 결과에 따르면 2008년 7월19일, 당시 청와대 기획관리비서관실이 국가기록원장에게 고발장 초안과 '대통령실기록물 무단반출 관련 증거물' 제하의 고발용 증거자료를 작성해 제공했다. 국가기록원장이 제주경마 이를 제주경마 문서로 시행해줄 것을 요청하자 이틀뒤인 21일 '대통령기록물 무단유출 사건 관련 증빙서류 송부'라는 공문을 시행했다. 당시 국가기록원에서는 '대통령실기록물 무단반출 관련 제주경마 증거물'을 기록으로 등록하지 않았는데 이번 조사과정에서 사본을 확보함으로써 관련 내용을 확인할 수 있었다고 TF는 전했다. 135쪽 분량의 '대통령실기록물 무단반출 관련 증거물'중에는 2008년 4월21일 작성된 'e지원 시스템 보안사고 제주경마 자체 조사결과'가 포함돼 있었다. 이를 통해 이명박대통령 취임으로부터 약 1개월이 제주경마 지난 2008년 3월27일 이미 시스템구축 참여업체 직원을 면담하고
