Fue probablemente hijo ilegítimo de Lucrecia Borgia, aunque el Papa Alejandro VI emitió dos bulas papales, ambas fechadas el 1 de septiembre de 1501, en cada una de las cuales se le atribuía un padre distinto; la segunda en emitirse parece corregir y suplir la primera. La primera de estas bulas, dirigida al «Dilecto Filio Nobili Joanni de Borgia, Infanti Romano», le declara como un niño de tres años de edad, hijo bastardo de César Borgia, soltero en aquella época, y de una mujer (desconocida, como era propio en estos casos) también soltera.
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