Layla Hassan, une employée d'Abstergo, est envoyée à la recherche d'artefacts en Égypte, aidée à distance par sa collègue et amie Deanna Geary, elle découvre les momies de deux précurseurs des Assassins et décide, sans en avertir sa hiérarchie, de mettre de côté sa mission pour explorer leurs mémoires génétiques, espérant ainsi évoluer au sein d'Abstergo et rejoindre le programme Animus.
Elle explore ainsi, en 49 av. J.-C. en Égypte antique, les mémoires de Bayek, le Medjaÿ de Siwa. Dans leur village, Bayek et son fils Khemou sont faits prisonniers par cinq hommes masqués possédant une orbe dorée et lumineuse (une Pomme d’Éden)...
