Es el año 2040 A.D. Han pasado más de 30 años desde la primera guerra espacial contra los gigantes Zentradi que casi acabó con la humanidad y el planeta Tierra. En el planeta Eden, un nuevo mundo habitable en el espacio, descubierto por humanos y Zentradi aliados, la U.N. Spacy prueba nuevas armas para enfrentar cualquier amenaza en el futuro.
La historia se centra en tres amigos: Isamu Dyson, Guld Goa Boman y Myun Fan Lon, los cuales tras un trágico accidente hace siete años terminan separándose. Isamu es enviado al planeta Eden para cumplir como piloto de pruebas, encontrándose con su anterior amigo Guld.
En la base militar secreta de New Edwards, se lleva a cabo el proyecto Super Nova destinado a probar dos nuevos cazas transformables (Variable Fighter) para la U.N.Spacy: el YF-19 desarrollado por Shinsei Industries pilotado por Isamu, cuyo modelo se basó en VF-19 Excalibur, y el YF-21 desarrollado por General Galaxy que tiene como piloto a Guld, cuyo modelo se basó en VF-22 Sturmvogel II.
El YF-19 se caracteriza por su velocidad de reacción, mientras que el YF-21 está diseñado para ser controlado mentalmente, permitiendo una respuesta rápida de parte del piloto.
Al mismo tiempo Myung llega a Eden, siendo representante de la primera cantante virtual llamada Sharon Apple, lo cual vuelve a unir el triángulo amoroso entre ellos tres.
