Après qu'un cataclysme ait touché leurs familles, Yui, 17 ans, et Hiyori, 8 ans, sont recueillies par Kiwa, une vieille dame qui les accueillent sous son toit. Ayant toutes les deux le coeur meurtri, la maison de Kiwa est censée être un refuge pour les soigner et leur permettre de grandir. Si les débuts sont difficiles, notamment pour Hiyori qui a perdu sa voix, le temps et la chaleur de la maison ainsi que son hôte leur permettent de retrouver une vie plus normale. Les deux jeunes filles parviennent même à tisser une relation extrêmement forte. Jusqu'au jour où des "kappa", des créatures étranges, apparaissent dans le jardin...