El rinoceronte de Java es un animal de hábito solitario, con excepción de la época reproductiva, cuando se los puede ver en parejas y, posteriormente, a las madres con sus cachorros. A veces, se reúnen en pequeños grupos para lamer sal y revolcarse en el barro. Esta acción de revolcarse en el barro es un comportamiento típico para todos los rinocerontes; esta actividad les permite mantener la termorregulación de su temperatura corporal fresca y ayuda a prevenir enfermedades e infecciones parasitarias. Los rinocerontes de Java generalmente no cavan su propio revolcadero, prefiriendo usar los realizados por otros animales o pozos naturales, que ellos agrandan utilizando sus cuernos. La operación del lamido de la sal es muy importante también por los nutrientes esenciales que los rinocerontes reciben a partir de la sal. La extensión del área territorial de los machos es de 12 a 20 km², mientras que la de las hembras es de 3 a 14 km². La sobreposición de territorios entre los machos es menor que la de las hembras. No se sabe si hay luchas territoriales. Los machos marcan su territorio con montones de excrementos y por la pulverización de orina. El ruido de raspaje producido por las patas en el piso y los brotes retorcidos de plantas también son usados para la comunicación. Los miembros de otras especies de rinoceronte poseen el hábito peculiar de defecar masivas pilas de excremento y después raspar su espalda en ese excremento. Los rinocerontes de Sumatra y los rinocerontes de Java no se dedican a rozar la espalda en las pilas mientras defecan. Se cree que este comportamiento es la adaptación ecológica.
