Le gameplay du jeu alterne parcours extérieur en vue de dessus et exploration de bâtiments ou d'égouts en défilement parallaxe. Pour affronter les ennemis du jeu, le joueur peut utiliser l'arme de la tortue qu'il a sélectionnée (par défaut, la première tortue encore en vie, dans l'ordre Leonardo, Raphael, Michelangelo et Donatello) ou des armes récupérées dans les niveaux comme des boomerangs, des shurikens ou, quand la tortue est au volant de leur camion, des missiles. La deuxième partie du niveau 2 se passe sous l'eau de l'Hudson River, où la tortue nage dans un gouffre inondé rempli de pièges afin de désamorcer les huit bombes.
En cas de mort d'une tortue, elle perd toutes les armes qu'elle a pu récupérer auparavant. Il est possible de récupérer la première tortue perdue dans le niveau 3, celle-ci ayant été en réalité capturée.