Après la catastrophe du virus Tetch, le Pingouin a pris les rênes de la pègre. Il règne sur la ville et impose ses règles. Paradoxalement, Gotham semble paisible. Jim, qui veut renverser le nouveau maître de la cité, prend contact avec Carmine Falcone pour obtenir son aide, mais celui-ci refuse. Butch, de son côté, est toujours dans le coma à l'hôpital. L'établissement décide de l'abandonner dans des marécages pollués par des déchets toxiques. Il en résulte un curieux changement chez Butch. De son côté, Bruce tente de mettre un terme aux agissements d'un tueur qui se fait appeler le Professeur Pyg. Il fait aussi face à un nouvel ennemi, le Joker. Une 4e saison marquée par l'irruption du perfide Joker.
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