En l'absence du capitaine William Adama, qui se trouve toujours dans un état extrêmement critique, le colonel Paul Tigh doit faire face au Quorum des Douze. Pendant ce temps, sur la mystérieuse planète Kobol, les rescapés du crash préparent une attaque contre les Cylons. En effet, ceux-ci ont mis en place une arme surpuissante qui pourrait détruire sans difficulté le vaisseau de secours qui est d'ores et déjà en approche...
