Menurut Wapres Jusuf Kalla, pengurus Dewan Masjid Indonesia tidak berkaitan dengan organisasi dan jabatan mereka.
Soal posisi Kepala BIN di posisi pimpinan dewan masjid. JK menganggap keberadaan Budi Gunawan diperlukan untuk memberi masukan terkait dengan kondisi keislaman dan situasi dunia Islam saat ini.