Son muchos los autores que siguen un modelo del déficit. Achacan la sinestesia a problemas en la maduración neuronal, aduciendo a que los bebés nacen sinestésicos y que es su propia evolución cerebral la que los lleva a captar los estímulos a través de los sentidos en la manera habitual. Un fallo en ese momento evolutivo, podría conllevar la aparición permanente de la sinestesia. Para otros autores, en algunos casos complementando la teoría anterior y en otros exponiéndola como eje central, presentan la teoría de que hay un fuerte componente genético en la sinestesia. Así, aproximadamente un tercio de las personas sinestésicas tienen parientes con experiencias idénticas.
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