Désormais retiré de la compétition, Jonny Wilkinson a pris les fonctions d'entraîneur adjoint au RC Toulon en charge notamment du jeu au pied. Aujourd'hui, il a dirigé ses toutes premières séances d'entraînement lors du stage du RCT à Tignes. Il a également prodigué ses conseils auprès des jeunes et des Espoirs du club.