En l'an 200X, le professeur Light créa Megaman, un super-robot de combat, pour combattre son ancien collègue, le professeur Wily, et ses plans diaboliques. Cependant, après sa défaite, le vil professeur créa huit de ses propres robots pour contrer Megaman.
Ce jeu reprend ce qui a fait le succès de Megaman 1 sur NES : les premiers niveaux peuvent être parcourus dans l'ordre désiré et chaque Robot Master battu laisse une arme que Megaman peut récupérer et utiliser contre un autre Robot Master. Une fois les 8 premiers niveaux terminés, Megaman doit infiltrer la forteresse de Wily (divisée en plusieurs niveaux) et y réaffronter les Robot Masters.
Megaman 2 compte néanmoins quelques innovations :
Le nombre de Robot Masters à vaincre passe de 6 à 8. Cette convention se retrouve dans la plupart des jeux de la franchise. Le système de points est abandonné. Les cannettes d'énergie, qui permettent à Megaman de récupérer des points de vie, font leur apparition.
Un système de mot de passe permet au joueur d'enregistrer sa progression. À noter cependant que la forteresse de Wily compte pour un seul niveau. Par conséquent, le mot de passe ne s'y s'applique pas et le joueur devra recommencer au début de la forteresse. En plus des armes, Megaman peut récupérer des gadgets qu'il peut utiliser pour franchir certains obstacles. Ces objets consomment de l'énergie comme une arme de Robot Master.
Les gadgets utilisables se comptent au nombre de 3 : Une plate-forme qui avance tout droit Une plate-forme qui monte Une plate-forme qui grimpe au mur
