Em 23 de julho de 1998 a divisão de elite do R.P.D, a S.T.A.R.S, time Bravo é enviada para investigar uma série de terríveis assassinatos nas Montanhas Arklay, região do município de Raccoon. No caminho para a cena, o helicóptero do esquadrão sofre uma pane e é forçado a fazer um pouso na floresta. A equipe então se depara com um veículo militar tombado, onde fazem os corpos mutilados de dois oficiais.Não muito longe dali, sob a ferrovia uma locomotiva segue para seu destino, os passageiros exaustos e cansados são surpreendidos por hordas de sangue-sugas mutantes, que aparentemente matam a todos e param o trem. Foi então que a médica do esquadrão, Rebecca Chambers, que investigava a cena encontra o trem estagnado, o Ecliptic Express. Rebecca investiga os vagões e descobre seres humanos deformados e insanos que tentam devorar carne a todo custo. Ela então depara-se com o ex-tenente Billy Coen, homem condenado a morte que estava sendo transportado no veículo destruído. Os dois então formam uma aliança sem precedentes, para sobreviver ao episódio. Porém o trem novamente em movimento e desgovernado, segue direto para uma abismo. Rebecca e Billy conseguem usar os freios e mudar sua rota para um túnel, mas o trem descarrila e os dois encontram-se presos em um laboratório secreto da Umbrella. Repleto de insetos gigantes, morcegos hostis e macacos mutantes, o lugar é a lúgubre base de operações de um homem misterioso que parece estar envolvido com os terríveis acontecimentos nas montanhas. Então Rebecca que fora salva por Billy, pergunta se ele realmente era um criminoso genocido. Ele então o conta como sua companhia fora até um aldeia no coração da África subsaariana e lá todos os soldados receberam ordens para exterminar os moradores locais; ele porém recusa-se e tenta impedir, no final, como punição ele leva a culpa toda sozinho
