Lopaka est un jeune garçon orphelin qui vit sur une île paradisiaque de Polynésie. Passionné de pêche en mer, il s'est fait surprendre par une tempête et a été sauvé de la noyade par Flipper, un dauphin. Depuis ce jour, l'enfant et l'animal sont devenus les meilleurs amis du monde et ils ne se quittent plus. Les deux héros vont vivre de multiples aventures au milieu de l'océan, en explorant les ruines d'une ancienne cité engloutie. Mais, ils sont confrontés à une pieuvre, nommée Dexter, qui veut devenir souveraine de cette cité. Lopaka et Flipper mettent tout en œuvre pour empêcher Dexter de régner sur ce territoire.