A Maléfica Nightmare Moon se libertou de sua prisão e jurou espalhar as trevas eternas pelo mundo. A Princesa Celestia está ausente. Twilight e as outras pôneis devem encontrar seis pedras mágicas chamadas "Os Elementos da Harmonia", escondidas na Misteriosa Floresta Alforriada (Everfree Forest). A cada obstáculo em busca dos artefatos, Twilight descobre um segredo que pode ajudar a chegar mais perto dos Elementos e trazer de volta a luz ao mundo.
