Après la Seconde Guerre mondiale au Japon, l'ancien pilote kamikaze Kōichi Shikishima a survécu aux attaques de Godzilla. Quelques années plus tard, alors qu'il souffre de trouble de stress post-traumatique, le kaijū réapparaît. Quelques soldats et vétérans vont alors s'unir pour protéger le Japon.