00:00Noi sequenziamo i casi particolarmente gravi, le reinfezioni a breve tempo,
00:06infezioni nel momento in cui in seguito alla terza dose di vaccino ci si aspetterebbe il massimo dell'immunità,
00:14oppure i cluster li chiamiamo, cioè focolai.
00:18Per prima cosa noi dobbiamo selezionare quei campioni, quei tamponi positivi che meritano di essere sequenziati.
00:26Non tutti si sequenziano, meritano per un motivo, per esempio hanno dato luogo ad un caso clinico molto grave.
00:34Una volta che li abbiamo selezionati dobbiamo estrarre l'RNA virale, quindi il genoma del virus.
00:43Ma il genoma del virus non può essere sequenziato così semplice,
00:47quindi c'è un altro step in cui dall'RNA virale bisogna passare al DNA complementare.
00:56Antonella Mencacci, responsabile del laboratorio di microbiologia e docente dell'Università degli Studi di Perugia,
01:03illustra passo dopo passo il processo di sequenziamento che permette di arrivare dal tampone positivo alla SARS-CoV-2
01:11all'analisi dettagliata del genoma, così da capire se si tratti del virus che provoca il Covid già conosciuto
01:19o di qualche variante nota o completamente nuova.
01:23Una complessa attività che ora svolge in autonomia anche l'azienda ospedaliera di Perugia,
01:28grazie a un gruppo di lavoro attivo nel laboratorio di microbiologia.
01:33Grazie anche a un sofisticato apparecchio sequenziatore presente all'Alcreo,
01:38il centro di ricerca emato-oncologico dello stesso ospedale.
01:42Lavoro partito da pochi giorni che ha però permesso di analizzare oltre 300 sequenze,
01:47dalle quali emerge una prevalenza di Omicron 2.
01:51A completare la spiegazione del sequenziamento è la professoressa Roberta Spaccapelo,
01:57associato di microbiologia all'Università degli Studi di Perugia, che guida il gruppo di lavoro.
02:02Il genoma del SARS-CoV-2 non è grandissimo rispetto naturalmente al genoma di una cellula umana,
02:10consta di circa 300 paia di bassi, però queste 300 paia di bassi non possono essere sequenziate direttamente,
02:16per cui abbiamo la necessità di amplificare il genoma del virus in tanti frammenti, piccoli frammenti.
02:23Noi amplifichiamo il genoma del virus in 98 frammenti, i quali poi verranno amplificati,
02:30perché non si può sequenziare un unico frammento, perché ricordiamoci che noi andiamo a cercare delle varianti,
02:35dobbiamo essere sicuri che quella mutazione è una variante reale del virus
02:39e non è magari una mutazione legata alle procedure tecniche.
02:43Per cui amplifichiamo questi 98 frammenti per migliaia di volte.
02:47Una volta che li abbiamo amplificati, quindi abbiamo preparato quello che si chiama la libreria,
02:54andiamo a sequenziare tutti i nostri 98 frammenti.
02:58Il risultato del sequenziamento, che viene fatto naturalmente, come abbiamo visto, all'interno dello strumento,
03:05viene automaticamente caricato su una piattaforma online, all'interno della quale noi abbiamo a disposizione
03:12un software che ci permette di riallineare tutti questi 98 frammenti, ricreare la sequenza completa del genoma del SARS-CoV
03:23-2.
03:23A questo punto, una volta che abbiamo la sequenza completa, possiamo confrontare questa sequenza
03:28con la sequenza del ceppo standard che viene utilizzato, che è il ceppo originale, che è stato identificato a WAN.
03:37A questo punto, grazie al software, possiamo andare a ricercare tutte le mutazioni, tutte le varianti
03:42e come risultato abbiamo naturalmente la variante Delta, come è stata in passato,
03:47oppure la variante Omicron, Omicron A1, A2, come abbiamo attualmente in Umbria.
03:53Il sequenziamento in una struttura di microbiologia ormai nel 2022 è essenziale.
04:00Grazie mille.
04:00Grazie.
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