Le voyage de François Pécheux sur la Seine débute en Côte d'Or, à Source-Seine, là où le fleuve n'est encore qu'une rivière. C'est en cherchant un premier bateau qu'il rencontre Salvatore et son engin volant. Ensemble, ils vont survoler les grands lacs de l'Aube, réservoirs de la Seine qui protègent Paris des inondations. Dans le port de Nogent-sur-Seine, il embarque sur la péniche de Cyril, pour traverser Paris. Arrivé à Conflans-Sainte-Honorine, il fait la connaissance de Josy, princesse-marinière qui vit sur sa péniche depuis toujours. Il poursuit son voyage avec la major Anne et l'équipe de la brigade fluviale, pour une intervention sur les eaux sombres de la Seine. Le pousseur Triton emmène François vers le moulin d'Andé. Puis, avec l'équipe des sondeurs de la Seine, il rejoint l'embouchure.