La République, gouvernée par le chancelier Palpatine, connaît une période agitée et sombre. Le comte Dooku et le groupe d'opposants au régime qu'il dirige se révèlent être de plus en plus menaçants. Devant la montée d'un tel danger et avant que la situation ne se dégrade davantage, le Sénat décide de monter une armée puissante qui protégera désormais la République. Padmé, l'ex-reine de Naboo devenue sénatrice, échappe à un attentat. Le jeune Anakin poursuit son apprentissage auprès du Maître Jedi Obi-Wan est chargé de sa protection. Obi-Wan Kenobi part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d'une mystérieuse armée de clones