Après un an de travaux, la première tranche de CEVA (liaison Cornavin - Eaux-Vives - Annemasse) reliant la gare CFF de Genève Cornavin à celle SNCF d'Annemasse est inaugurée le 21 décembre 2006. Il s'agit en fait de l'aménagement de la halte de Lancy Pont - Rouge sur le tracé de l'accès à la gare Fret de La Praille, point d'origine réel de la future ligne soutéraine CEVA. Le plus gros des travaux fut de prolonger la voie 1 en gare de Genève sur 500 m afin de supprimer le tronc commun contraignant avec la voie 2 en sortie de gare. La roccade supportant les voies a été élargie et un bâtiment déplacé de 5 m. Le train inaugural est une rame Flirt CFF venue faire un simple aller-retour depuis Olten. Il entre en gare sur la voie 1 via le nouveau tronçn de 500 m.