Un essai nucléaire français dans l'Océan Pacifique entraîne la mutation d'un sphénodon, dont un œuf produit un monstre gigantesque. Près de trente ans plus tard, la créature atteint l'Atlantique, engloutissant au passage plusieurs navires. Le Colonel Hicks (Kevin Dunn) réunit une équipe de chercheurs pour traquer la bête qui s'approche dangereusement de New York. Le Dr Nick Tatopoulos (Matthew Broderick) émet alors la théorie selon laquelle le monstre hermaphrodite, baptisé Godzilla d'après une vieille légende japonaise, viendrait pondre ses œufs au cœur de la mégapole. Mais le monstre parvient à New York et provoque le chaos en détruisant tout sur son passage. La ville est rapidement placée en État de siège par l'armée américaine, qui échoue malgré son important déploiement à arrêter Godzilla. La journaliste Audrey Timmonds (Maria Pitillo) mène un reportage exclusif en dérobant des informations top secret auprès de Tatopoulos. Ce dernier, renvoyé par l'armée américaine, est bientôt récupéré par un agent des services secrets français (Jean Reno), qui veut trouver le nid de la créature pour l'anéantir. Le nid est finalement détruit par bombardement aérien et Tatopoulos parvient à piéger le monstre sur le pont de Brooklyn, permettant aux avions de combat de l'abattre.
