Groupement d’intérêt public, l’agence est placée sous la tutelle de trois ministères français (de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, de l'Education nationale, du Travail, de l'Emploi et de la Santé (DGEFP).
C'est la seule agence nationale en charge des actions en lien avec le programme pour l'Education et la Formation tout au long de la vie (Comenius, Erasmus, Leonardo da Vinci, Grundtvig, Visites d'étude), les programmes Erasmus Mundus et Tempus, les dispositifs Europass, Euroguidance, Label européen des langues, l'équipe des Experts de Bologne.
Située à Bordeaux, au 25 quai des Chartrons depuis février 2003, l'agence emploie aujourd’hui 87 personnes.