Το εκπληκτικό σενάριο το έχει γράψει η DC Comics και αποτελεί τη ραχοκοκαλιά του Story Mode. Ο Joker στο απόγειο της εγκληματικής του καριέρας καταφέρνει να τοποθετήσει και να θέσει σε λειτουργία ένα τρομακτικό όπλο μαζικής καταστροφής με αποτέλεσμα να σκοτώσει εκατομμύρια ανθρώπους, να καταστρέψει τη Metropolis και να σκοτώσει με ένα κτύπημα τη γυναίκα του Superman Lois Lane, το αγέννητο παιδί τους και τον καλύτερό του φίλο Jimmy Olsen. Ο Superman βράζοντας από οργή και απογοητευμένος από την ανθρωπότητα και τις αυτοκαταστροφικές της τάσεις εγκαταλείπει το δρόμο του δικαίου και εγκαθιδρύει ένα δικτατορικό καθεστώς με αρχηγό τον ίδιο και με στόχο την αυστηρή τήρηση του νόμου και την άμεση παύση κάθε εγκληματικής δραστηριότητας. Καθώς το καθεστώς του Superman γίνεται όλο και πιο ακραίο και απολυταρχικό, ο Batman και άλλοι υπερήρωες αναγκάζονται να επαναστατήσουν και να αντιμετωπίσουν τόσο τους εγκληματίες όσο και το στυγνό καθεστώς του Superman.