Hoy sabemos que el cerebro es, de lejos, el órgano sexual más importante, y el único que puede definir, a ciencia cierta, el verdadero sexo de una persona. La identidad de género se halla impresa en las estructuras más profundas del SNC y el cerebro. El Síndrome de Harry Benjamin se diferencia de otras condiciones intersexuales, en que éste no es evidente para diagnóstico en el nacimiento, sino más interno y difícil de diagnosticar, pues requiere una tecnología de diagnóstico médico más avanzada. El Síndrome de Harry Benjamin no es una enfermedad o un trastorno, ni se alienta a considerarlo como tal, sino una variación biológica del desarrollo sexual humano, al igual que lo son los demás Síndromes Intersexuales. Cuando en ésta página se habla de "sufrir" Síndrome de Harry Benjamin, se hace referencia al sufrimiento (causado por la incongruencia física) que la vasta mayoria de las personas nacidas con ésta condición experimentan, y no a una consideración patológica.