Entre las complicaciones de carácter sistémico, es decir a nivel de los distintos órganos del cuerpo, destaca la
hepatotoxicidad, manifestada en forma de hepatitis, o insuficiencia hepática aguda, y caracterizada por ictericia, elevación aguda de la actividad de las transaminasas séricas (que son los principales marcadores en sangre del buen funcionamiento del hígado) y disminución de la actividad de la protrombina. Si bien la mayoría de casos de hepatotoxicidad y hepatitis agudas por MDMA se resuelven espontáneamente, en casos muy graves y excepcionales puede dar lugar a fracaso hepático agudo y por consiguiente riesgo de muerte.