William Miton Cooper est né le 6 mai 1943 à Saint-Johns, en Arizona. Tout comme son père membre de l'USAF (United States Air Force), Cooper avait décidé tout jeune de s’engager dans l'armée, et Bill Cooper sort diplômé du lycée de Yamato (Japon).
Lorsqu'il quitte son foyer, il intègre le SAC (Strategic Air Command), département de commandement de l'USAF, puis continue sa carrière dans l'United States Navy, la Marine américaine. Dès 1966, il est membre d'équipage à bord du sous-marin USS Tiru. Il travaille ensuite comme officier sur un pétrolier, et ensuite au Viêt Nam pendant la Deuxième Guerre de l'Indochine. Après quoi, il fut affecté dans l'unité administrative de la Flotte Pacifique, où il eut notamment l'accès à des documents militaires top secret relatifs à la sécurité nucléaire.