Plusieurs médias serbes ont accusés Bernard Kouchner d'avoir couvert le scandale des trafics d'organes. À l'affaire de la Maison jaune, par référence à la couleur de la clinique clandestine où des organes étaient prélevés sur plus de 300 prisonniers civils serbes avant qu'ils ne soient exécutés, qui a été attestée par l'ancienne procureur du TPI Carla del Ponte dans son livre La Traque, les criminels de guerre et moi (...). 4 ans après les faits, les enquêteurs de Mme Del Ponte ont localisés la Maison jaune à Burrell (Albanie), mais n'ont pu y trouver d'indices permettant de reconstituer la filière. Le Conseil de l'Europe a fait ouvrir une nouvelle enquête.
En répondant à la presse, Bernard Kouchner ne manifeste aucune compassion pour les victimes et leurs familles.
Il choisit d'ironiser la complicité passive qu'on lui impute en niant l'existence du crime. En outre, il qualifie de "salauds et d'assassins » ceux qui colportent cette rumeur ; des propos qui incluent Carla Del Ponte.