Le jeu met en scène les aventures de Donkey Kong et son ami Diddy Kong qui partent à la recherche du stock de bananes de Donkey, volé par King K. Rool, chef des monstres appelé Kremlins. Les personnages parcourent six régions différentes de l'ile DK, pour y affronter les boss et récupérer les stocks de bananes qu'ils détiennent. Ils traversent tour à tour une foret équatoriale, une région minière, une forêt continentale, une région glacée, une région industrielle, et un monde de cavernes très sombres, avant le combat final contre King K. Rool, à bord de son vaisseau pirate.