A Tokyo, Shin est un lycéen ordinaire qui vient de perdre sa mère et ne peut compter sur son père peu présent. Son amie d'enfance, Kotori, aimerait bien que leur relation évolue.Alors des morts subites adviennent de manière très régulière au Japon, il rencontre un garçon nommé Jin, qui ressemble trait pour trait, qui prétend venir d'un autre monde. Jin affirme venir d'un monde parallèle et post-apocalyptique, sous la coup d'une princesse malfaisante, Kotoko. Jin s'est rendu à Tokyo pour tuer Kotori, le double de Kotoko ...