Lara Croft, 21 ans, est persuadée que son père, un riche explorateur excentrique porté disparu depuis sept ans, n'est pas mort. Elle fouille ses affaires et découvre des informations sur sa dernière destination. Avec son ami Lu Ren, elle met le cap sur une île mythique au large du Japon où serait située une tombe légendaire. Après avoir survécu à un naufrage, elle est finalement capturée par Mathias Vogel, l'ennemi juré de son père. Celui-ci fait partie de la Trinité, une organisation qui se prépare à perprétrer un génocide. La jeune femme va tout tenter pour venger son père et mettre Vogel hors d'état de nuire...