Quatre ans ont passé depuis le désastre de Jurassic Park. Sur Isla Sorna, une île déserte avoisinant celle d'Isla Nublar, vivent d'autres dinosaures. Afin de renflouer la compagnie InGen, Peter Ludlow, neveu de John Hammond et homme d'affaires cupide, projette de monter une expédition qui ramènerait des dinosaures herbivores. Ces derniers peupleraient un nouveau parc dans la ville de San Diégo. Soucieux de préserver l'île, Hammond, récemment démis de la présidence d'Ingen, sollicite Ian Malcolm, rescapé de Jurassic Park, pour qu'il prenne la tête d'une équipe qui étudierait le comportement des dinosaures dans leur environnement. Sur place, les deux groupes vont d'abord s'affronter avant de s'unir face au danger majeur que représente la faune de l'île...