L'autoroute A36 surnommée La Comtoise est une autoroute gérée par les APRR entre Mulhouse-Ouest et Beaune.

Signalétique de référence :

sens ouest-est : « Besançon — Mulhouse — Strasbourg » puis Freiburg
sens est-ouest : à partir de l'Allemagne, « Mulhouse », puis « Lyon — Paris », puis « Dijon »
Elle comprend trois sections gratuites :

Section service public entre l'Allemagne et Mulhouse-Ouest,
Section hors péage entre Mulhouse-Ouest et Burnhaupt,
Section service public entre Belfort-Est et Montbéliard-Ouest.
Pour la section hors péage, il n'y a pas de perception, mais le tarif du péage est répercuté sur le tronçon à péage qui suit (ou précède). L'usager qui n'emprunte que la section payante de la concession est donc « pénalisé ».

La traversée urbaine de Mulhouse est délicate (partiellement 2×3 voies) et le trafic est dense entre Belfort et Montbéliard.

Depuis l'été 2006, cette section comprise entre Belfort et Montbéliard est en travaux, dans le but d'élargir la chaussée à 2×3 voies. Certaines sorties (par exemple la sortie n°1), ainsi que des aires, sont fermées. Les travaux occasionnent régulièrement des embouteillages.

Elle coupe l'A35 à Sausheim (axe Nord-Sud alsacien reliant Lauterbourg à Saint-Louis, autoroute non concédée) et rejoint l'HaFraBa en Allemagne (axe Hambourg-Frankfurt-Basel).

En Franche-Comté, à Dole, se trouve une connexion avec les autoroutes menant à Lyon, Dijon et Paris.