Sono trascorsi tre anni da quando il Kohenkan è stato smantellato; Akira, Pai Chan, Jacky e tutti gli altri sono tornati alle loro vite quotidiane. Quando Pai e Jacky si rincontrano e decidono di andare a trovare Akira in giappone, vengono aggrediti da un gruppo di misteriosi guerrieri ninja che hanno dato alle fiamme il villaggio di Agakure dove Akira era in visita a Kagemaru. I ninja seguono gli ordini di un misterioso signore chiamato Onimure, che possiede una lista di persone da eliminare tra cui risultano proprio i nostri amici. Nel frattempo in Francia, il giovane Leon ha trovato importanti informazioni che potrebbero salvare la vita di Akira...