Une équipe scientifique oeuvre dans le plus grand secret à la creation du Pokémon le plus puissant de tous les temps.

Ayant découvert en Amazonie un cheveu fossilisé du Pokémon Mew, les généticiens établissent le code ADN de ce monstre de légende, dont ils fabriquent un clone Mewtwo. Mais le colosse, sitôt éveillé, se retourne contre ses inventeurs et les massacre.